В 1946 г. Центральный научно-исследовательский институт физической культуры открыл на базе Центральной клинической больницы МПС первую «клинику здорового человека» (СП. Летунов, А.Л. Вилковысский), начавшую серьезное изучение характера и особенностей течения заболеваний у спортсменов, а в 1951 г. Минздравом СССР был издан приказ об организации врачебно-физкультурных диспансеров (ВФД). Они стали повсеместно создаваться во всех республиках, областях, крупных городах и районах Союза. По истечении 2-3 лет действовало уже 140 диспансеров, а в дальнейшем их число приблизилось к 400.

Создание врачебно-физкультурных диспансеров заложило основу принципиально новой системы медицинского обеспечения физической культуры и спорта, которая позволила поднять его на более высокий уровень, внедрить в практику основы профилактической медицины, организовать постоянное активное наблюдение за действующими спортсменами, спортивным резервом, ветеранами спорта, проводить их комплексные обследования, следить за динамикой здоровья и тренированности, своевременно выявлять нарушения, вызванные неадекватными нагрузками, активно помогать в планировании и коррекции тренировочного процесса.
Конец 50-х и 60-70-е годы стали расцветом отечественной спортивной медицины (термин, заменивший «врачебный контроль* в 1970 г ) Оня сформировалась как самостоятельное направление медицины со своими задачами, методами и организацией.
Блестящее проведение в 1958 г. в Москве XII юбилейного конгресса ФИМС еще более повысило авторитет отечественной спортивной медицины. Ее опыт в дальнейшем был успешно использован во многих странах мира, и советские ученые стали постоянными участниками международных конгрессов по спортивной медицине.
В 1961 г. при Тартусском университете открылся первый в стране факультет первичной подготовки врачей - специалистов по спортивной медицине. И уже первый его выпуск в 1966 г. полностью оправдал возлагаемые на него надежды: это были высококвалифицированные, хорошо подготовленные спортивные врачи, владеющие всем арсеналом необходимых современных методов исследования.
В системе Комитета по физической культуре и спорту для обслуживания сборных команд была создана специальная медицинская служба, позднее - отдел медицинского обеспечения. Двойное высшее образование специалистов - медицинское и физкультурное - позволило им глубже вникать в режим и методику тренировки, активнее участвовать в планировании и коррекции тренировочного процесса. На основе опыта работы комплексных научных групп (КНГ), которые включали врачей и ученых разного профиля (педагогов, психологов, биохимиков, физиологов), изучались актуальные медицинские проблемы спорта, разрабатывались методики функциональных исследований, восстановления и повышения работоспособности спортсменов, уточнялись особенности врачебного контроля в детском, юношеском и женском спорте, изучалась специфика медицинского обеспечения различных спортивных специализаций.
В начале 70-х годов было создано научно-практическое объединение для работы с ведущими спортсменами, в которое вошли лаборатория медицинских проблем высшего спортивного мастерства ВНИИФКа, Московский врачебно-физ-культурный диспансер № 2 и врачи-тренеры сборных команд страны.
Значительно расширились также база и возможности научных исследований. Лаборатория врачебного контроля ВНИИФКа была преобразована в крупный отдел спортивной медицины с четырьмя профильными лабораториями: врачебного контроля в спорте, возрастных проблем и массовой физической культуры, функциональной диагностики и клинической биохимии. Несколько позже в лаборатории врачебного контроля были созданы новые подразделения - проблем восстановления, фармакологии и допинг-контроля. Были расширены и медицинские подразделения Ленинградского НИИ физической культуры.